En el transcurso de Kingdom Hearts 358/2 Days tiene un gran número de misiones que debe cumplir a lo largo del transcurso del juego y la historia para poder seguir avanzando con esta. Estas misiones van tomando cada vez un aspecto más complicado a lo largo del juego, misiones más complicadas para Roxas y su compañía.

Listado de misionesEditar sección

• Misión 00: Tutorial
• Misión 01

• Misión 02

• Misión 03

• Misión 04

• Misión 05

• Misión 06

• Misión 07

• Misión 08

• Misión 09

• Misión 10

• Misión 11

• Misión 12

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• Misión 14

• Misión 15

• Misión 16

• Misión 17

• Misión 18

• Misión 19

• Misión 20

• Misión 21

• Misión 22

• Misión 23

• Misión 24

• Misión 25

• Misión 26

• Misión 27

• Misión 28

• Misión 29

• Misión 30

• Misión 31

• Misión 32

• Misión 33

• Misión 34

• Misión 35

• Misión 36

• Misión 37

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• Misión 39

• Misión 40

• Misión 41

• Misión 42

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• Misión 45

• Misión 46

• Misión 47

• Misión 48

• Misión 49

• Misión 50

• Misión 51

• Misión 52

• Misión 53

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• Misión 68

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• Misión 92

• Misión 93