En el transcurso de Kingdom Hearts 358/2 Days tienen lugar un gran número de misiones opcionales y obligatorias. Estas últimas se deben cumplir a lo largo del transcurso del juego y la historia para poder seguir avanzando. Estas misiones van tomando cada vez un aspecto más complicado a lo largo del juego, misiones más complicadas para Roxas y su compañía.
Listado de misiones[]
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